神經內科劉翁銘醫師指出巴金森氏症與阿茲海默症這兩種疾病的差異主要是堆積的蛋白質種類不同,以巴金森氏症來說,造成它致病的蛋白質是α-突觸核蛋白(Alpha-synuclein),在巴金森氏症不同時期會有不同的蛋白質堆積,一開始它是堆積在腦幹中延腦的位子,接著慢慢往上堆積到中腦黑質的部位,進而造成了黑質細胞的凋亡,之後才因此產生了巴金森的動作障礙;而在老年時在大腦也產生了α-突觸核蛋白(Alpha-synuclein)的堆積,這些巴金森氏症的病患可能會因此有出現幻覺的現象,產生失智等等的問題。
阿茲海默症所產生的異常蛋白稱之為濤蛋白、類澱粉蛋白,它和巴金森氏症的差異性主要是它不正常的蛋白質主要是堆積在皮質,所以它主要的表現還是以失智以及認知功能障礙為主。